Berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 8 Tahun 2012 tentang Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia, Pascasarjana Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta telah menerapkan kurikulum KKNI sejak tahun 2015. Beban studi program Magister (S2) sebanyak 42 SKS dan program Doktor sebanyak 47 SKS untuk kelas reguler dan 50 SKS untuk kelas Internasional. Sebaran kurikulum dapat dilihat di laman akademik.uin-suka.ac.id