Visi
Unggul dan terkemuka dalam menyiapkan Doktor studi Islam bertaraf Internasional pada tahun 2030.

Misi
  1. Menyelenggarakan pendidikan jenjang Doktor (S3) yang integratif-interkonektif, transformatif, multikultural, dan inklusif.
  2. Melaksanakan riset dan pengembangan studi keislaman dan keilmuan yang kontributif bagi khasanah peradaban.
  3. Melaksanakan pengabdian pada masyarakat untuk kemajuan peradaban dalam bingkai universalitas nilai-nilai Islam dan kebhinekaan Indonesia.
  4. Mengembangkan kerjasama dengan berbagai pihak yang memiliki pandangan dan komitmen yang sama dalam membangun masyarakat yang Islami, lebih demokratis, multikultur dan adil.

Tujuan

1.   Melahirkan Doktor dalam bidang pengkajian Islam dengan penguasaan keilmuan yang integratif-interkonektif, transformatif, multikultural, dan inklusif.

2.   Melahirkan Doktor dalam bidang pengkajian Islam yang profesional dan memiliki integritas ilmiah serta berkepribadian luhur.

3.   Menghasilkan Doktor dalam bidang pengkajian Islam yang mampu mengaktualisasikan diri dalam masyarakat.

4.   Menghasilkan publikasi ilmiah yang berkualitas dan berkontribusi bagi pengembangan ilmu pengetahuan dan peradaban.

5.   Membangun jaringan yang kokoh dan fungsional dengan lembaga lain yang mempunyai visi yang sama dalam pengembangan keilmuan Islam.

6.   Menjadi acuan bagi perguruan tinggi lain di Indonesia dalam  pengembangan pengkajian Islam bagi kemajuan peradaban.

7. Mendapatkan pengakuan sebagai centre of excellence pengkajian Islam secara regional dan internasional.

Program Pendidikan
Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga menyelenggarakan Program Doktor (S3) kelas reguler dan kelas Internasional. Program Doktor dilaksanakan dengan menempuh mata kuliah teori selama 2-3 semester (I – III). Konsentrasi yang ditawarkan pada program Doktor sebagai berikut:

Kelas Reguler:

  1. Studi Islam (SI)
  2. Ekonomi Islam (EI)
  3. Sejarah Kebudayaan Islam (SKI)
  4. Kependidikan Islam (KI)
  5. Studi al-Qur'an dan Hadis (SQH)
  6. Ilmu Hukum dan Pranata Sosial Islam (IHPSI)
  7. Pendidikan Anak Usia Dini Islam (PAUDI)
  8. Ilmu Perpustakaan dan Informasi Islam (IPII) 
  9. Kajian Timur Tengah (KTT)
  10. Studi Antar Iman (SAI)

Kelas Internasional:

  1. Islamic Thought and Moslem Societies (ITMS)
  2. al-Dirasat al-Islamiyya wa al-Arabiyya (DIA)