Direktur : Prof. Noorhaidi, MA., M.Phil., Ph.D. 

Wakil Direktur: Dr. Moch. Nur Ichwan, M.A.

Program Magister Prodi Interdisciplinary Islamic Studies (IIS)
Ketua Prodi : Ro'fah, S.Ag., BSW., MA., Ph.D.
Sekretaris Prodi : Dr. Roma Ulin Nuha, M.Hum.

Program Doktor Studi Islam (SI)
Ketua Prodi: Ahmad Rafiq, M.Ag., MA., Ph.D.
Sekretaris : Dr. Eva Latipah, M.Si.

Koordinator AAKK: Imam Mahmudi, S.H.I., M.IP.
Koordinator AUPK: Erie Susanty, SE., MM.