VISI
Menjadi Pascasarjana yang unggul dan terkemuka dalam bidang Islamic Studies yang integratif-interkonektif dan inovatif, bagi kemajuan peradaban.
MISI
1. Meningkatkan reputasi Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga di level Nasionl dan International di bidang pengajaran, riset dan pengabdian dengan tata kelola yang profesional, seimbang (tawazun), transparan dan akuntabel.
2. Meningkatkan koordinasi dan mensinergikan kegiatan Pengajaran, Penelitian dan Pengabdian Masyarakat sebagai wujud pelaksanaan Tri Dharma Perguruan Tinggi.
3. Meningkatkan kesejahteraan bagi dosen dan tendik dengan mengoptimalkan penghasilan BLO Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta.
4. Menciptakan kampus Pascasarjana yang berintegritaas, ramah, religius untuk mendukung kenyamanan proses pembelajaran dan pelayanan akademik.
TUJUAN
1. Melahirkan sarjana strata dua (S2) dan strata tiga (S3) dalam bidang studi Islam dengan penguasaan keilmuan yang integratif-interkonektif yang didukung dengan metodologi yang kuat dalam kerangka transformasi sosial yang humanis-transendental
2. Menghasilkan ilmu pengetahuan yang berguna bagi kemajuan peradaban.
3. Membangun jejaring dan sinergi dengan berbagai pemangku kepentingan untuk mewujudkan nilai-nilai kemanusiaan dan perdamaian di tengah masyarakat.